Жалобу на продление ареста подали в суд адвокаты бывших руководителей «ЮКОСа» и «МЕНАТЕПа». Другие поданные защитой обвиняемых жалобы суд вообще не стал рассматривать. В частности не были рассмотрены жалобы на отказ прекратить уголовное дело и на отказ объединить дела Ходорковского и Лебедева с делом бывшего вице-президента «ЮКОСа» Василия Алексаняна. Суд объявил, что данные вопросы обжалованию не подлежат.

Адвокат Лебедева Елена Липцер заявила, что считает действия суда неправомерными. По словам Липцер, она не исключает возможности обращения в Европейский суд по правам человека.

Второе дело в отношении Ходорковского и Лебедева было возбуждено в 2005 году, когда еще шел процесс по первому делу об уклонении от уплаты налогов. Позднее бизнесмены были приговорены по первому делу к восьми годам лишения свободы. Процесс по второму делу продолжается.