В день своей гибели Наталья Эстемирова должна была встретиться с главой Следственного управления

Туда она приезжала вместе с председателем комитета «Гражданское содействие» Светланой Ганнушкиной. Последняя подала заявление на имя руководителя Следственного управления. Ганнушкина просила провести проверку по факту возможного насильственного лишения свободы чеченского студента Масхуда Абдуллаева. Он был депортирован из Египта в Россию во время недавнего скандала с российскими студентами, которых египетские власти внезапно арестовали. Кроме того, Масхуд Абдуллаев — сын одного из главарей боевиков Супьяна Абдуллаева. В конце июня он выступил в эфире чеченского телевидения и заверил, что с ним все в порядке.

Наталья Эстемирова была похищена в Грозном в среду утром, и в тот же день найдена в Ингушетии убитой. Основная версия убийства — профессиональная деятельность правозащитницы. Газета The New York Times называет Эстемирову «главным источникам информации о нарушениях прав человека в Чечне». В последние годы она вела расследования похищений людей в Чечне, а президент Рамзан Кадыров, по утверждению The New York Times, во время личной встречи в марте 2008 года угрожал Эстемировой.