По версии департамента экономической безопасности МВД, деньги незаконно переведены организациям, выполнявшим строительные работы на территории вуза. При этом обязательные в таких случаях тендеры не проводились, кроме того, у правоохранителей есть претензии и к подрядным фирмам — они были зарегистрированы с нарушением закона, а некоторые были фиктивными.

По данным МВД, мошеннические операции руководство МИСИС проводило в 2004–2005 годах, уголовное дело возбудили в этом мае. Сейчас проводятся различные экспертизы, задержанных по делу пока нет.