Отказавшись от самоуправления, МГУ и СПбГУ получат право проводить дополнительные экзамены для абитуриентов помимо Единого государственного экзамена (ЕГЭ), а также устанавливать свои собственные стандарты для образовательных программ и выдавать дипломы особого образца. Кроме того, два ведущих вуза страны должны получить большую финансовую свободу, вплоть до возможности создавать предприятия для осуществления тех или иных проектов.