Вениамин Кондратьев родился в городе Прокопьевске Кемеровской области в 1970 году. В 1993 году окончил Кубанский государственный университет по специальности «филолог, преподаватель русского языка», а в 1995 году там же получил профессию «юрист».

В 1994–1995 годах Кондратьев — старший юрисконсульт, специалист юридического отдела управления делами администрации Краснодарского края. В следующие годы переходит в правовое управление, где двигается по карьерной лестнице, в конечном итоге заняв пост начальника.

В августе 2003 года становится вице-губернатором по вопросам имущественных, земельных и правовых отношений, руководит департаментом имущественных отношений.

В 2014 году Кондратьев переходит на службу в Управление делами Президента РФ, где назначен начальником главного управления федерального имущества Управделами президента.

В марте 2015 года назначен заместителем управляющего делами президента РФ.